是的，有一些原发性辅酶Q10缺乏症2型患者是基因突变阴性的。这可能是因为目前的基因查体技术尚不完善，无法检测到所有可能的突变，或者是因为该疾病还存在其他未知的致病机制。因此，即使基因查体结果为阴性，仍然不能完全排除患有原发性辅酶Q10缺乏症2型的可能性。