耳齿发育不良的致病基因鉴定通常采用全外显子测序（whole exome sequencing）或全基因组测序（whole genome sequencing）等高通量测序技术进行基因测试。这些方法可以全面地检测患者的基因组，帮助鉴定可能导致耳齿发育不良的致病基因。同时，也可以通过家系分析等方法来确定患者的遗传模式和家族史，进一步帮助确定致病基因。