小头畸形-短指畸形-脊柱后侧凸综合征是由TBX15基因的突变引起的。TBX15基因编码了一种转录因子，它在胚胎发育过程中起着重要作用，特别是在四肢和脊柱的形成中。突变导致TBX15基因功能异常，可能导致小头畸形、短指畸形和脊柱后侧凸等症状的发生。