神经性耳聋伴有非典型特应性皮炎的致病基因鉴定可以采用全外显子测序（Whole Exome Sequencing，WES）或全基因组测序（Whole Genome Sequencing，WGS）等基因分析方法。这些方法可以对患者的基因组进行全面的检测，帮助确定可能导致疾病的致病基因。通过对比患者和正常人群的基因组数据，可以找到与疾病相关的基因突变，从而进行致病基因的鉴定。