延迟型颅骨膜骨化是由FGFR2基因的突变引起的。FGFR2基因编码了一种受体酪氨酸激酶，它在胚胎发育过程中起着重要作用。突变导致FGFR2受体的功能异常，影响了颅骨膜的正常发育和骨化过程，从而导致延迟型颅骨膜骨化的发生。