常染色体显性遗传3型进行性眼外肌麻痹伴线粒体DNA缺失分子解码通常不需要包括CNV检测。这种遗传病主要是由线粒体DNA缺失引起的，与染色体上的拷贝数变异（CNV）无关。因此，在进行这种遗传病的分子解码时，主要是针对线粒体DNA缺失基因进行检测，而不需要包括CNV检测。