常染色体隐性遗传1型进行性眼外肌麻痹伴线粒体DNA缺失是由基因突变引起的。这种基因突变通常发生在线粒体DNA上的特定区域，导致线粒体DNA缺失或突变，进而影响眼外肌的功能，导致进行性眼外肌麻痹的症状。具体来说，这种疾病与线粒体DNA上的特定基因突变相关，例如MT-ATP6基因的突变可能是其中之一。