要检查Setd2相关小头畸形-严重智力障碍-多种先天性异常综合征相关基因，可以通过进行分子诊断来确定。这种分子诊断通常是通过提取患者的DNA样本，然后进行测序分析来检测Setd2基因是否存在突变或变异。这种分子诊断通常由专业的遗传学家或遗传咨询师进行指导和解释结果。如果怀疑患有Setd2相关小头畸形-严重智力障碍-多种先天性异常综合征，建议尽快咨询医生进行相关分子诊断。