导致弗雷泽综合症3型发生的基因突变主要包括FRAS1、FREM2和GRIP1基因的突变。这些基因编码的蛋白质在胚胎发育过程中起着重要作用，突变会导致胚胎发育异常，进而引发弗雷泽综合症3型。