常染色体隐性遗传39型智力发育障碍分子诊断通常采用数据库比对的方法。这种方法是通过将被检测者的基因序列与已知的数据库中的基因序列进行比对，来确定是否存在与智力发育障碍相关的基因突变。虽然数据库比对是一种有效的方法，但随着基因技术的发展，也有更为智能的基因解码方法，如全基因组测序等，可以更全面地分析个体的基因组信息，提高分子诊断的准确性和可靠性。