常染色体隐性遗传46型智力发育障碍分子诊断通常不包括线粒体全长测序检测。常染色体隐性遗传智力发育障碍主要涉及核基因的突变，而线粒体基因通常与线粒体疾病相关。因此，这两种分子诊断通常是分开进行的。如果需要进行线粒体全长测序检测，需要另外进行线粒体分子诊断。