常染色体显性遗传性智力发育障碍40型是由基因DYRK1A的突变引起的。DYRK1A基因编码了一种激酶，该激酶在神经细胞的发育和功能中起着重要作用。突变导致DYRK1A功能异常，进而影响神经细胞的正常发育和功能，导致智力发育障碍。