常染色体显性遗传性智力发育障碍69型的基因突变决定患病者是男孩还是女孩并没有明确的规律。这种遗传病是由基因突变引起的，患病的可能性并不取决于患者的性别。因此，男孩和女孩都有可能患上这种遗传性智力发育障碍。