围巾综合症是由基因突变引起的，具体来说是由于COL1A1基因的突变导致的。COL1A1基因编码胶原蛋白I的α1链，这是一种结缔组织中最常见的蛋白质。COL1A1基因突变会导致结缔组织中胶原蛋白I的异常合成，从而引起围巾综合症的症状。