是的，有可能存在基因突变阴性的X连锁智力发育障碍1型患者。虽然大多数X连锁智力发育障碍1型患者都有相关基因的突变，但也有极少数患者可能是由于其他原因导致智力发育障碍，而非基因突变所致。因此，即使没有检测到相关基因的突变，仍然有可能出现X连锁智力发育障碍1型的患者。