是的，连锁智力发育障碍99型遗传分析可能包含大片段缺失。这种遗传分析通常会检测与该疾病相关的基因的变异，包括小片段缺失、插入、点突变等。大片段缺失是一种较为罕见的基因变异形式，但在一些病例中可能会被检测到。因此，在进行遗传分析时，通常会对各种类型的基因变异进行全面检测，以确保能够准确诊断患者的疾病。